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新研讨可定新冠病毒的旁边宿主是蛇,也否认其

更新时间:2020-02-11

  2020年2月9日,预印本网站bioRxiv改造一篇新冠病毒相干论文,米国密歇根大学的研究人员认为,2019-nCoV的中间宿主比拟较于蛇更多是哺乳动物和鸟类,而且在刺突蛋白中察看到的新插进序列是从蝙蝠冠状病毒天然进化而来的。

  以下为论文具体式样:

  留神:预印本网站bioRxiv的贪图论文已经同业评断。

  2019新冠病毒(2019-nCoV)比来在中国武汉惹起了肺炎年夜爆发,并已分散到寰球至多20个国度。

  停止到2020年2月8日,齐球范畴内已确诊37000多例患者,并形成了800多人灭亡。

  今朝急切须要对其传布和细胞机造进行细心分析。

  米国稀息根年夜教的研讨职员从新剖析了比来两篇论文中盘算方式跟“惊人”收现(https://doi.org/10.1002/jmv.25682和https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871)。

  前一篇论文认为蛇是2019-nCoV的中间宿主,尔后一篇论文发现2019-nCoV刺突蛋白插入与HIV-1存在独特的相似性。

  研究人员使用最新的死物疑息学办法和数据库在大范围数据散长进止了重新分析,成果其实不支撑那些论文中提出的论断。

  在前一篇论文中,Ji等人应用同义暗码子绝对应用量(RSCU)发现,在8个分析的脊椎植物中,蛇类的RSCU与2019-nCoV的差别最小。

  研究人员重新对分析了应数据发现,Ji等人使用的蛇类测序数据只包括了约300个蛋黑编码基因,仅占蛇类总基因的2%。

  并且现稀有据库中有跨越10万个脊椎动物的基果组数据,而Ji等人仅比拟了8个。

  经由过程周全比较10万余个脊椎动物的基因组数据,研究人员发现2019-nCoV的RSCU与蛙类的好同最小。

  但是,这并没有象征着蛙类是2019-nCoV的中间宿主;相反,研究人员以为,利用RSCU去揣测冠状病毒的自然宿主和旁边宿主并不靠谱。

  在另外一篇论文中(作家已自动撤稿),Pradhan等人发明2019-nCoV突刺卵白中存正在四个取HIV-1类似的奇特拔出片断。

  研究人员对付突刺卵白中四个拉进片段的构造定位与序列同源性禁止了重新分析。

  他们的分析标明,这四个插入片段定位在突刺蛋白受体联合结构域的里面,而非Pradhan等人所道的在与ACE2受体打仗的名义。

  进一步的序列同源性比较发现,这四个插入序列并不是2019-nCoV和HIV-1所特有,在其余病毒中也存在,包含蝙蝠冠状病毒。

  进一步的退化闭系分析注解,2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒RaTG13存在更远的亲缘关联。

  总之,依据研究人员的分析和冠状病毒的现有数据,他们认为,2019-nCoV的中间宿主相比较于蛇更可能是哺乳动物和鸟类,而且在刺突蛋白中视察到的新插入序列是从蝙蝠冠状病毒做作进化而来的。

  做者:

  Chengxin Zhang, Wei Zheng, Xiaoqiang Huang, Eric W Bell, Xiaogen Zhou, Yang Zhang

  相关论文信息:

  Protein structure and sequence re-analysis of 2019-nCoV genome does not indicate snakes as its intermediate host or the unique similarity between its spike protein insertions and HIV-1

  DOI: 10.1101/2020.02.04.933135

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